日本科学技术信息集成系统(J-STAGE, Japan Science and Technology Information Aggregator, Electronic) 收录了日本各科技学会出版的文献（文献多为英文，少数为日文），截止到2017年，该系统有2156种期刊，244种会议论文，学科有数学；通讯与信息科学；综合；物理；自动化；化学与化工；地质；农业；地理；环境科学；电子；生物等。
国家极地研究科学数据库(National Institute of Polar Research Science Database) 极地数据中心（PDC）负责日本相关极地研究的数据仓储的管理。数据库是所有日本南极研究考察（JARE）数据仓储，也是日本对2007-2008年国际极地年（IPY）的贡献。
世界温室气体数据中心(World Data Centre for Greenhouse Gases,WDCGG) WDCGG数据库提供有关温室气体和相关气体的观测数据以及称为元数据的基本相关信息。WDCGG收集，存档和分发由贡献者提供的有关大气和其他地方的温室气体（例如CO2，CH4，氯氟烃，N2O）和相关气体（例如CO）的数据。包括世界各地组织和个人研究人员提供的WDCGG出版物和测量数据。
日经BP报刊数据库(日経BP記事検索サービス) 日经BP报刊数据库由日本的日经BP社（Nikkei Business Publications, Inc.）提供，国内由CINFO提供各项服务与支持，目前收录大约50种报刊和杂志，涵盖电子、机械、科学、建筑、土木、医疗、教育等多个主题内容，可以获取日本经济、医疗、服务、建筑、电子、信息技术等各大主要行业的实际情况，各类的最新商业信息。
日本细菌战资源库 国家图书馆从海外征集的日本细菌战档案为基本素材,对原始文件进行逐页整理标引后建成。包括日本细菌武器研究与试验、日本对华实施细菌战、日本使用活人进行人体试验、日军针对战俘及平民的暴行、盟军对日本涉细菌战科研人员和军人进行调查、盟军关于组织战争罪行审判等方面的史料。
CiNii日本综合学术信息数据库 CiNii 是日本国立情报研究所（National Institute of Informatics，简称 NII）运营的日本最大的学术论文数据库，收录了日本各学术机构及团体的期刊论文和大学学报论文，并可通过检索获取日本国会图书馆“日文期刊索引数据库”所收录的论文。
朝日新闻数据库(闻藏II Visual) 闻藏II Visual 为日本最大规模的网上新闻数据库，提供搜索朝日新闻创刊迄今1,350 万条以上的新闻报导、广告。亦提供杂志、照片、人物、用语辞典等数据供用户阅览。约有七成的日本大学已引进闻藏数据库，目前共有900 所以上的大学（含海外大学）、图书馆、机关等使用本数据库。
新日本古典文学大系+明治編电子书(Maruzen e-Book Library) Maruzen e-Book Library（MEL）是由日本丸善雄松堂独立开发运行的电子书数据库。收录了200多家学术专业出版社约41600种书籍和学术杂志，收录品种主要以日本专业类、研究类、工具书、往期学术杂志为主。
