许多短语被PubMed的自动词语映射（Automatic Term Mapping ，ATM）中使用的MeSH（医学主题词表）翻译表识别。例如，如果您输入“fever of unknown origin”，PubMed会将该短语识别为一个MeSH（医学主题词表）词汇（主题词或副主题词）。如果无法识别成短语，以下格式搜索短语（下列格式将停用ATM技术）：
- 用双引号括起来短语："kidney allograft"
如果您使用引号进行短语检索，而短语在短语索引中找不到，引号将被忽略，检索词将使用自动词汇映射进行处理。在搜索结果的顶部将显示“在短语索引中找不到该短语Quoted phrase not found in phrase index”的信息。 - 使用检索字段标识：kidney allograft[tw]
如果您使用检索字段标识，但在短语索引中找不到该短语，则该短语将被分解为多个单独的检索词，例如，“psittacine flight”不在短语索引中，因此对“psittacine flight[tw]”的搜索将被拆分成这样的检索表达式psittacine AND flight[tw],并翻译为： ((("psittaciformes"[MeSH Terms] OR "psittaciformes"[All Fields]) OR "psittacine"[All Fields]) OR "psittacines"[All Fields]) AND "flight"[Text Word] - 使用连字符：kidney-allograft
如果使用了连字符，但在短语索引中找不到该短语，则该检索不会返回该短语的任何结果。
当进行短语检索时，PubMed将不会执行自动词汇映射，不会映射到包括MeSH主题词和MeSH树型结构表该主题词的下位词。如使用"health planning"检索到的文献是索引了Health Planning主题词的文献，但不会包含自动MeSH映射中包含的下位主题词如Health Care Rationing、 Health Care Reform、Health Plan Implementation。
短语索引
PubMed使用短语索引提供短语搜索。要浏览短语索引，可以使用高级检索的检索构建器中的"显示索引Show Index"功能：选择一个搜索字段，输入短语的开头，然后点击"显示索引"。
没有被索引的短语
短语可能出现在PubMed记录中，但不在短语索引中。要搜索在短语索引中找不到的短语，可以使用距离为0的邻近搜索（例如， "cognitive impairment in multiple sclerosis"[tiab:~0]）；这将搜索两个引号中的单词按任意顺序相邻出现的情况。
PubMed的自动化流程会根据短语使用频率和长度等标准定期向索引中添加新的短语。如果您希望将某个短语添加到短语索引中，可以写信给NLM帮助台。